В аниме Доктор Стоун событие окаменения служит стержнем сюжетной линии, происхождение этого загадочного явления оставалось неясным, что добавляло дополнительный уровень интриги. Хотя самому аниме еще предстоит разгадать загадку, манга уже дала ответы на вопрос о том, кто изобрел луч окаменения и почему.
Катастрофическое событие произошло внезапно, превратив все человеческое население в каменные статуи. Но в это время, Бьякуя (отец Сэнку) и его команда астронавтов находились в космосе, предоставляя им уникальную возможность наблюдать за происходящим на земле.
Бьякуя и его команда быстро определили, что луч исходил с противоположной стороны планеты и определили, что он исходит где-то в регионе Южной Америки. Имея в руках эту подсказку из прошлого, Сэнку определили точную долготу и широту луча и отправился на поиски его источника.
По мере развития манги Сэнку и его товарищи обнаруживают поразительное открытие: луч окаменения, превращающий человечества в камень, заключен в устройство под названием Медуза. Это устройство, активируемое голосом и воспринимаемое как враг человечества, становится центром их поиска ответов.
Сюжет принимает неожиданный поворот, поскольку выясняется, что устройства Медузы на земле это лишь осколок, настоящий Медуза оказывается на луне. Сэнку и его команда отправляются на Луну и обнаруживают на поверхности Луны огромное скопление устройств Медузы.
Оказываются Медузы разумные формы жизни ищущи помощи в поддержании своей функциональности, им нужны алмазные батареи, питающие их. В свою очередь, эти устройства предлагают заманчивую перспективу вечной жизни, предотвращая старение посредством процесса окаменения.
Несмотря на первоначальное восприятие устройств Медузы как врагов, открытие раскрывает нюансы истины, Медузы просто думали, что помогают человечеству, обращая всех в камень, взамен получали алмазы которые им жизненно необходимы, непонятно только кто им их приносил.
Доктор Стоун бросает вызов общепринятому представлению о врагах, изображая противников как потенциальных союзников. Сэнку и его группа последовательно идут по пути сотрудничества и взаимопонимания, продолжение следует в рубрике аниме.
